Байгаль орчны аудит нь тухайн байгууллагын байгаль орчинд учруулж болох аливаа сөрөг нөлөөлөл, хохирол, үр дагаврыг арилгах арга хэмжээ авах, үйлдвэр, аж ахуйн нэгж, байгууллагын экологи, эдийн засгийн үр ашгийг дээшлүүлэх, улмаар байгаль орчин болон хүний эрүүл мэндэд сөрөг нөлөөгүй аргаар үйлдвэрлэл явуулахад туслах, тэднийг учирч болох алдагдал, эрсдлээс хамгаалах, урьдчилан сэргийлэхэд чиглэдэг. Нөгөө талаар үйлдвэр, аж ахуйн нэгж, байгууллагын байгаль орчны гүйцэтгэлд Мэргэжлийн хяналтын байгууллагын хийх хяналт шалгалтын ажлыг хөнгөвчлөх, шуурхай болгоход туслах зорилго агуулдаг.